Sistemas compostos por muitas unidades semelhantes que interagem entre si são muito comuns, e, em geral, a rede de interacções não é nem completamente aleatória nem completamente regular. Por isso, encontramos redes complexas nos mais diversos contextos, desde as redes de comunicações e de distribuição de electricidade às redes formadas pelas palavras em estudos linguísticos de associação, a redes sociais como a rede de co-autoria de artigos científicos, a redes biológicas como a rede metabólica na célula ou a rede formada pelos neurónios no cérebro humano, e muitos outros exemplos.
A levedura da cerveja, Saccharomyces cerevisiæ, foi a primeira célula eucariota para a qual o conjunto de todas as proteínas e das respectivas interacções físicas (formação de complexos proteicos de longa duração, transporte ou modificação de uma delas), i.e. o proteoma, foi completamente analisado. A rede complexa associada, cf. figura seguinte, cujos os nodos são as proteínas, 1870, e as ligações, as interacções entre elas, 2240, apresenta uma estrutura do tipo scale-free. Nas redes genéticas, os nodos representam os genes e as arestas as interacções físicas entre as proteínas expressas por esses genes. Neste contexto, a perspectiva das redes complexas pode ser útil para determinar a função biológica de cada gene.
Fenómenos como a propagação de epidemias à escala mundial, de vírus informáticos na internet ou de apagões na rede eléctrica têm-nos alertado para a influência da estrutura de contactos entre os membros de uma comunidade na dinâmica deste tipo de processos. Como é natural, as redes complexas jogam um papel importante no estudo da propagação de epidemias. O tipo de rede a considerar depende naturalmente da doença que se quer estudar. Por exemplo, para doenças sexualmente transmissíveis as redes scale-free parecem, de acordo com estudos recentes, ser um bom modelo.
Por outro lado na propagação de doenças em que o contágio depende apenas de contactos sociais, como por exemplo as doenças infecciosas infantis, a rede de contactos tem as características de uma rede mundo pequeno como a do modelo de Watts e Strogatz, cf. figura seguinte.